卵巢疾病的發病原因，與疾病的具體型別有關。卵巢炎是由不良的生活習慣或感染所致；多囊卵巢綜合徵的發病原因主要是下視丘垂體功能失常和遺傳；卵巢早衰也可由遺傳引起，同時也與長期抽菸喝酒有關。
卵巢炎多因患者不良的生活習慣所致，如平時不注意經期衛生以及性生活衛生、性交過於頻繁等，會造成病原菌逆行感染，使卵巢區域性出現炎症反應。足月分娩或人工流產後，抵抗力下降，若不注意護理，病菌會經陰道進入子宮和盆腔，導致卵巢炎。
多囊卵巢綜合徵是由於下視丘垂體功能失常造成的，下視丘垂體功能失常會使卵巢合成甾體激素異常，從而引起慢性無排卵。與遺傳因素也有密切的關係，如果母親患有多囊卵巢綜合徵，女兒可能會遺傳這種基因，發病率相對較高。
卵巢早衰有家族遺傳傾向，也就是說這種卵巢疾病可能是由遺傳因素造成的。部分人發生卵巢早衰，是因為長時間抽菸喝酒所致，香菸以及酒精均會對卵巢造成不良刺激，久之便會導致卵巢功能衰退，誘發卵巢早衰。